微波治疗仪治疗慢性前列腺炎时，微波治疗功率范围在10～30，此时主要表现为温热效应，经直肠透入与其毗邻的前列腺，使腺体内温度均匀升高，组织血管扩张，血运加快，改善前列腺的血液循环，增强白细胞吞噬功能，加速局部新陈代谢产物和毒素的排出，从而促进炎症的吸收，也可以使脓栓液化，疤痕软化，脓肿消退，甚至可以直接杀灭腺体内的细菌。此种疗法的有效率在90%以上。
　　方法：患者侧卧位，髋膝半屈曲。用避孕套套住治疗探头(以防污染)，外涂以石蜡油，轻轻经肛门插入5～7厘米，预热数分钟，将治疗仪的输出功率调到治疗范围，待探头温度升到39℃时（功率开到10左右，以有温热感觉为准），开始计时，使探头温度维持在41℃～43℃之间30分钟，每周治疗2～3次，10次为1疗程，每1疗程末查前列腺液以观察疗效。注意在使用微波治疗时，探头温度不可过高，以防出现组织变性坏死，观察询问病人使用探头治疗时感受，若有不适要进行针对性处理。偶有病人接受此项治疗后有欲大便感，总体来说，前列腺微波治疗是一种安全、无痛的治疗方法。